Nuestro trabajo busca nuevas aproximaciones a la conservación, la investigación de la relación naturaleza-sociedad, y la creación y recreación de tecnologías alternativas. Tratamos de combinar saberes y formas de organización tradicionales de las comunidades con conocimientos y técnicas modernos. Los miembros del Instituto aspiramos a que éste sea un instrumento flexible, convivial y eficaz para acompañar a las comunidades oaxaqueñas en la búsqueda de mejores condiciones de vida y una relación más armoniosa con la naturaleza.

El trabajo del instituto se centra en tres grandes ámbitos:
el de INFORMACIÓN Y DIVULGACIÓN, que incluye operar el centro de documentación, programas de intercambio con universidades nacionales y extranjeras, el apoyo a iniciativas académicas y a redes civiles; el de TECNOLOGÍA ALTERNATIVA en el documentamos, experimentamos y promovemos técnicas ambientalmente benignas y socialmente justas, con énfasis en la conservación del agua y los suelos, y el de la CONSERVACIÓN, en el que, con el agua como elemento unificador de esfuerzos, impulsamos la regulación ecológica de la Cuenca del Manialtepec, en la costa, y de los Valles Centrales, donde llevamos a cabo nuestro proyecto principal, denominado Aguaxaca, que se centra en el asunto estratégico de resolver el gravísimo problema de escasez y mal uso agua que padecemos en la región.